孙中山自述道：予在广州学医甫一年，闻香港有英文医校开设，予以其学课较优，而地较自由，可以鼓吹革命，故投香港学校肄业。② 他所说的英文医院，即香港西医书院（The College of Medicine for Chinese，HongKong，香港大学医学院前身）。
先是，1887年1月，香港议政局议员、又兼律师兼医生的何启（18581914年，字迪之，号沃生，广东南海人），为纪念其亡妻英人雅丽氏（Alice Walkden），在香港荷李活道创办了雅丽氏医院，于当年2月中旬开业。该医院的中文称为：利济医院，意谓上帝以利益济人。它原系太平山之伦敦教会赠诊所，其性质与广州博济医院一样，同为传教而免费施诊赠药。嗣因业务需要日增，于10月又在医院内开设香港西医书院。派人到广州招考能谙中、英文的新生。孙中山有感于该院师资、设备皆优，且香港较为自由，发表政治言论少受束缚，便于同年9月转学到该院就读。
西医书院采用英国医科的五年学制，教学设备较完善，师资水平较高，直接用英语教学。除上课讲授外，尤其注重临床实习，学生经常在雅丽氏医院门诊室和药房担任外科医生及药剂师的助手，上化学课时还常到植物园参观和在化学实验室从事化验。孙中山在同学中年纪较长，功课成绩甚好，人缘又好，被推选为班长。师长们出诊时，常约他陪诊，作为助手，从而更增加了学习的机会。
孙中山在这所高等学校学习了整整五年。在这五年时间内，他除刻苦钻研医学本科知识外，还广泛研读西方国家的政治学、军事学、历史学、物理学、农学等，尤其爱读《法国革命史》和达尔文的《物种起源》。这两部书对他影响很大，他期望从中找到解决中国社会问题的钥匙。它们使孙中山接受了达尔文学说中的积极进化论和欧美资产阶级革命的天赋人权理论，从而向往着法、美的共和革命，在思想上日益积累着在中国实行反清革命的因素，为其以后的政治活动奠定了基础。
同时，他在课余仍很重视进修中文，经常秉烛夜读，并先后获得王孟琴、陈仲尧两位教师的辅导。孙中山后来曾对他所涉猎的知识范围，作过这样的概述：文早岁志窥远大，性慕新奇。故所学多博杂不纯，于中学则独好三代两汉之文，于西学则雅痴达文之道，而格致政事亦常浏览。① 于圣贤六经之旨，国家治乱之源，生民根本之计，则无时不往复于胸中；于今之所谓西学者概已有所涉猎，而所谓专门之学亦已穷求其一矣。??游学之余，兼涉树艺，泰西农学之书，间尝观览，于考地质、察物理之法，略有所知。①
康德黎博士（Dr.James Cantlie），在西医书院成立时自英国前来执教，后来接替孟生博士（Dr.Partrick Manon），出任第二任教务长。他在西医书院见到的第一个学生便是孙中山。康德黎十分喜欢这个品学兼优的学生，师生关系十分融洽。他引导孙中山善爱科学，向著名的科学家学习。孙中山热爱达尔文的学说，与这位老师的启发诱导是分不开的。康德黎说：在其所教的24名学生中，孙逸仙对我最具吸引力，因为他的品质文雅，勤奋求学；不论在学校或私人生活都表现如绅士般的仪态，他实在是其他同学的模范。后来，他还曾这样称赞道：我从未认识像孙逸仙这样的人，如果有人问我所知的最完美者是谁，我将毫不迟疑地指出孙逸仙。②
当时，孙中山在香港读书的学费，是由孙眉自檀香山汇款资助的。有时汇票不能按时寄到，他为购买书籍等物，只好暂时挂账；可是汇款一到，立即清偿，同时邀约同学餐叙，大快朵颐。等到把钱花得所剩无几，他就索性待在校里，用功读书，心无旁骛。后来他获得了工读的机会，每个学期都有奖学金可拿，就不再仰赖哥哥的供给了。
孙中山工读，缘以香港屈臣药房的主人夏菲士病情严重，特聘康德黎诊治。康氏便选拔了孙中山和江英华两个高才生充当夜间的特别看护，分别值班上半夜与下半夜。病人痊愈后为感谢对自己的照顾，便捐出一笔巨款充作西医书院的奖学金。该院从中拨款一部分，帮助孙、江二人缴纳学费和零用金。为了读书，孙中山青少年求学时期，曾先后在檀香山、广州及香港等地，当过四次的工读生，分别在学校中具体管理校园中的蔬菜和其他杂务等工作。
孙中山在青少年时代积累的广博的学识，不仅为他以后从事政治思想的探索打下了一个坚实的基础，并且终生受用。他读书又很注重于应用，在学农学知识时，就和他假日在家乡从事的改良农业实践结合了起来曾为老农介绍科学选种、施肥等农学知识，并进行了考察土壤、试验种植桑树等活动。
孙中山在香港读书时，课余或节假日和周末，经常往来于广州、澳门等地，和有救国愿望的朋友共同研究学问，寻找救国真理，探索中国的出路。特别是和同住香港的志同道合的几个知友，交游尤密。昕夕往还，以谈革命为欢，而被人视为大逆不道的寇贼。他还不断关切政治问题，以学堂为鼓吹之地，常对人抒发爱国情怀，阐述革新政治的抱负，用中国现状之危，我人当起而自救一类言词来提高人们觉悟。孙中山常常谈起杰出的农民革命领袖洪秀全，尊称他为反清第一英雄，自许为洪秀全第二，以太平天国革命事业直接继承者自任。他还利用课余时间写了一些论文，投送到香港教会报纸和上海《万国公报》等处，阐述他对于改善中国政治局势的见解。在1891年前后所写的一篇发展中国农业生产的文章中，孙中山通过对西方国家的农业组织和耕作技术的介绍，主张清政府派员出洋考察，学习西方国家讲求树艺农桑、养蚕牧畜、机器耕种、化瘠为腴一切善法，回国推广，并从中央到地方采取措施以加强农业生产的领导。他还建议根据不同的自然条件，因地制宜，从事种植或牧畜。他说：地属高亢，则宜多种赤米??若卑湿之田，则宜种耐水之稻??其余花果草木，皆宜审察土宜，于隙地广行栽种。如牛羊犬豕之属，皆当因地制宜，教以牧畜。庶使地无遗利，人有盖藏。文章最后指出发展民族经济农业和工商业是使国家富强的中心课题，以农为经，以商为纬，本末备具，巨细毕赅，是即强兵富国之先声，治国平天下之枢纽也。这在客观上也正是对洋务派思想的批评。
孙中山在香港西医书院历年的考试成绩，均名列前茅。1892年7月（清光绪十六年六月），他参加了第五学年考试，又获全级第一。孙中山历年成绩总汇，在12门课程中成绩得优等者10门，及格2门，总成绩是最优异，他以全校之冠的优秀成绩毕业了。在同月23日举行的毕业典礼上，他接受了教务长英国人康德黎（J.Cantlie）颁发的西医书院第一名毕业执照，并获得《婴孩与儿童之病症》《外科肾症》和《神经之损伤与病症及其治疗》三书作为奖品。毕业典礼结束后，康德黎又特别在家里设宴为毕业生孙中山和江英华二人庆贺，应邀作陪者50人，师生欢谈，气氛至为热烈。
至此，孙中山结束了他的大学生涯。
大学时代是孙中山一生中不可忽视的阶段。如果没有这六年的勤奋学习、刻苦钻研，在学习自然科学的同时，热心研究社会科学，并参加实践，广交爱国志士，从而奠定了较坚实的基础，孙中山就难以在1894年成长为一位民主革命家。
总体来说，从12岁到26岁，孙中山在学生时代接受西方资本主义教育共14年之久。在这期间，作为一个积极向西方学习，探求救国真理的青年，他学到了不少先进的自然科学知识，也接触了资产阶级的一些社会政治学说，使他向往西方资产阶级的文明。与此同时，国内外人民反帝、反封建斗争的生动事实，也给予孙中山以积极的影响。这些，对于他的民主革命思想的形成，都起了重要作用。
至于孙中山西医书院毕业时是得了什么学位的问题，说法不一。目前，海内外有关孙中山的著述中仍有着不同的说法，宜予辨证说明之。
长期以来，孙逸仙博士的称谓流传甚广。1935年，原博济医院旧址（今广州中山医科大学孙逸仙纪念医院）竖立的纪念碑，雕刻有孙逸仙博士开始学医及革命运动策源地等字样。博士之称实际是一种误会。《伦敦被难记》的中文本提到孙中山西医书院毕业一事的文字为：阅五年而毕业，得医学博士文凭。但查对1879年伦敦出版的英文原著，这一段作After five years study（18871892年）I obtained the diploma entitling me to style myself Licentiate in Medicine and Surgery, Hong Kong。① 可译成：经过五年（18871892年）学习之后，我领得有资格在香港开业行医的毕业文凭。并无博士的字样。
罗香林在《国父大学时代》一书中，有的地方称孙中山获得的学位是学士，有的地方又说是硕士。如该书叙述康德黎在毕业典礼上演说完毕后，即颁发国父与江英华二人成绩优秀之毕业执照，内载中英文证明文句，大意相同，唯英文方面增加并由书院当局授予香港西医书院医学及外科等硕士（Licentiate）之学位称号。其实Licentiate在这里并无硕士的含义，只是有开业行医资格者的意思。揆诸事实，孙中山在香港西医书院学习五年，只有本科考试成绩，仅能授予学士学位，迄今尚未发现孙中山硕士或博士学位的考试成绩、论文及答辩情况等资料。
事实上，西医书院当时尚属草创阶段（1892年才转入正轨），是没有资格授予博士或硕士学位的。康德黎在颁发证书时说得很清楚：今日对在座青年同学颁发准许各位为书院信誉而从事医药与外科及产科医师职务的证书执照，乃一较任何事情为感觉兴奋的事。这种学士证书执照的获得，用各位过去五年在书院努力工作，而今日仅得发展初阶的结果，且显示为书院开创新纪元。因为学士荣衔的获得，在本院还是第一次呢！①
1925年，孙中山在北京逝世，香港大学注册部的唁电说：此校（指香港大学引者）可认为先生之母校，因为孙中山1892年得医学士之阿飞斯（Alice）（即雅丽氏另译音，原文如此引者）纪念医院，顷已合并于斯校矣。②可见，孙中山所获得的是一般大学本科的学士学位。孙中山本人也从未提及自己得过博士或硕士学位。相反，他明确自称医学士。
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