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內容簡介： 《代谢途径设计：实验指南》共分为三篇，围绕代谢途径建模、代谢途径开发、代谢途径设计展开，主要内容涉及如何用工程生物学的思路，在底盘细胞中对代谢途径进行挖掘和设计。附录部分还提供了生物设计工具箱，方便读者使用。与偏重生物化学途径的介绍类书籍不同，《代谢途径设计：实验指南》的工程生物学特色鲜明，较为系统地介绍了数学模型、计算机工具在代谢途径设计中的应用。 目錄： 目录Ⅰ 代谢途径建模1 走上工程生物学之路 31.1 用于工业生物制造的合成生物学平台 31.2 设计-构建-测试-学习的自动化循环 41.3 工业生物过程的放大与缩小 61.4 灵活的自动化生物设计、云实验室和人工智能 61.5 生物铸造的代谢途径设计 7参考文献 82 基因组规模建模 112.1 系统生物学模型 112.2 从组学到大数据的模型重建 122.3 基于约束方法的模型仿真 152.4 流量分析的高级应用 202.5 问题 21参考文献 233 途径建模 253.1 途径稳态和动力学 253.2 质量作用定律 273.3 酶动力学建模 283.4 转录和翻译控制建模 323.5 途径动力学建模 363.6 问题 38参考文献 384 化学多样性建模 404.1 理解酶创新的机制 404.2 基于信息编码化学反应 414.3 酶杂泛性建模 464.4 计算化学多样性 494.5 问题 51参考文献 52Ⅱ 代谢途径开发5 酶的发现和选择 575.1 通过序列同源性发现酶 575.2 通过反应同源性发现酶 615.3 可扩展的代谢空间中的酶发现 665.4 问题 71参考文献 736 途径发现 756.1 定义化学目标 756.2 代谢范围的逆合成分析 806.3 问题 86参考文献 867 途径选择 887.1 途径计数 887.2 途径排序 957.3 问题 99参考文献 100Ⅲ 代谢途径设计8 途径设计 1058.1 选择途径中的功能基因 1058.2 转录和翻译调控 1088.3 组合设计 1098.4 实验设计 1108.5 途径标准化 1138.6 问题 117参考文献 1189 途径的再设计 1209.1 基于模型的培养基和底盘的再设计 1209.2 计算机辅助的酶的再设计 1259.3 学习阶段实验的再设计 1309.4 基于机器学习的途径的再设计 1369.5 问题 143参考文献 144附录A 生物设计工具箱 146索引 148

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